Nació en 1957 y, tras completar estudios clásicos, se licenció en órgano, dirección y música sacra en la Universidad de Múnich bajo la guía de Gerhard Weinberger y Franz Lehrndorfer. Como director de orquesta recibió clases particulares de Eugen Jochum y Claudio Abbado. Desde 1979 es organista titular de la catedral Maria Himmelfahrt de Landsberg am Lech (Baviera), donde fundó y dirige el coro y la orquesta de cámara.
Con estas agrupaciones ha interpretado algunas de las misas más célebres de Haydn, Beethoven, Schubert, Bruckner y Puccini, además de la Misa en si menor y la Pasión según San Mateo de Bach, el Réquiem de Mozart, la Misa de Réquiem de Verdi, el Réquiem Alemán de Brahms y oratorios de Händel, Haydn, Mendelssohn y Dvořák.
Como director de orquesta, Skudlik ha afrontado numerosos conciertos y sinfonías de Mozart, Beethoven, Bruckner y Mahler. Como organista y clavecinista ha ofrecido numerosos conciertos en toda Europa, Islandia, Estados Unidos y Japón.
Ha grabado treinta discos de órgano, clave y música de cámara, entre los que destacan el Réquiem de Verdi y Elijah de Mendelssohn con la Orquesta Sinfónica de la Radio Bávara de Múnich. Como clavecinista grabó las Variaciones Goldberg y El clave bien temperado de Bach.
Asimismo, realizó numerosas grabaciones para importantes emisoras europeas y americanas, entre las que destacan la RIAS de Berlín, WGBH de Boston, Bavaria TV and Broadcasting, RAI Uno Italia y la televisión polaca.
Desde 2006 es director artístico del Bayerischer Orgelsommer. Johannes Skudlik es fundador y director del Euro Via Festival.
